Αρμόδια όργανα για τη λειτουργία του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α, είναι:
1. Η Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ): απαρτίζεται από επτά μέλη (7) μέλη:
Ο Πρόεδρος της Επιτροπής Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ), όπως και ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α, προέρχονται από την Ιατρική Σχολή, η οποία έχει τη διοικητική υποστήριξη του ΔΠΜΣ.
2. Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α: απαρτίζεται από πέντε (5) μέλη ΔΕΠ των Συνεργαζόμενων Ιατρικών Σχολών/Τμημάτων:
που έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο και εκλέγονται από την ΕΠΣ για διετή θητεία. Τα μέλη της ΣΕ δεν δικαιούνται επιπλέον αμοιβή ή αποζημίωση για τη συμμετοχή τους στην επιτροπή. Πρόεδρος της ΣΕ είναι ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α. Η θητεία του Προέδρου της ΣΕ μπορεί να ανανεωθεί μία φορά. Η ΣΕ είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τον συντονισμό της λειτουργίας του προγράμματος και:
3. Διευθυντής του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α και ο Αναπληρωτής του: είναι μέλος ΔΕΠ πρώτης βαθμίδας ή της βαθμίδας του αναπληρωτή, του ιδίου ή συναφούς γνωστικού αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α. Ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α είναι μέλος και Πρόεδρος της ΣΕ. Ορίζεται μαζί με τον Αναπληρωτή του, με απόφαση της ΕΠΣ.
Ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α εισηγείται στα αρμόδια όργανα του Ιδρύματος για κάθε θέμα που αφορά την αποτελεσματική λειτουργία του προγράμματος. Ο Διευθυντής δεν δύναται να έχει περισσότερες από δύο (2) συνεχόμενες θητείες και δεν δικαιούται επιπλέον αμοιβή για το διοικητικό του έργο ως Διευθυντή. Έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Συγκαλεί σε συνεδρίαση τη ΣΕ.
β) Καταρτίζει την ημερήσια διάταξη των εν λόγω συνεδριάσεων, λαμβάνοντας υπόψη εισηγήσεις των μελών και οργάνων του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α.
γ) Ορίζει εκλογές για την αναπλήρωση μελών επιτροπών λόγω κένωσης θέσης.
δ) Έχει την ευθύνη σύνταξης του προϋπολογισμού και απολογισμού του Προγράμματος, τους οποίους υποβάλλει στην ΕΠΣ για έγκριση.
ε) Είναι υπεύθυνος για την παρακολούθηση της εκτέλεσης του προϋπολογισμού και για την έκδοση των εντολών πληρωμής των σχετικών δαπανών.
στ) Κατά τη λήξη της θητείας του, καθώς και της ΣΕ, συντάσσει αναλυτικό απολογισμό του ερευνητικού και εκπαιδευτικού έργου του ΔΠΜΣ, καθώς και των λοιπών δραστηριοτήτων του, με στόχο την αναβάθμιση των σπουδών, την καλύτερη αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού, τη βελτιστοποίηση των υφιστάμενων υποδομών και την κοινωνικά επωφελή χρήση των διαθέσιμων πόρων του ΔΠΜΣ.
Ο Αναπληρωτής Διευθυντής του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α είναι Καθηγητής ή Αναπληρωτής Καθηγητής και εκπληρώνει τα καθήκοντα του Διευθυντή σε περίπτωση απουσίας του.
Το ΔΠΜΣ ΙΦ-Α υποστηρίζεται από τη Γραμματεία του Προγράμματος που είναι εγκατεστημένη στην Ιατρική Σχολή του ΕΚΠΑ και βρίσκεται υπό την επιστασία της Γραμματείας της Ιατρικής Σχολής του ΕΚΠΑ. Η Γραμματεία του ΔΠΜΣ ΙΦ-Α έχει ως καθήκον τη γραμματειακή υποστήριξη του Προγράμματος, όπως την προετοιμασία της διαδικασίας εισδοχής υποψηφίων, την τήρηση των οικονομικών στοιχείων του Προγράμματος, τη γραμματειακή υποστήριξη της ΕΠΣ και ΣΕ, την καταχώριση βαθμολογιών κλπ.